南京云锦的产生和发展与南京的城市史密切相关，南京丝织业最早可追溯到三国东吴（公元222年—公元280年）时期。
东晋（公元317年—公元420年）末年，大将刘裕北伐，灭秦后，将长安的百工全部迁到国都建康（今南京），其中织锦工匠占很大比例。后秦百工中的织锦工匠继承了两汉、曹魏、西晋和十六国前期少数民族的织锦技艺。
东晋义熙十三年（公元417年）东晋在建康设立专门管理织锦的官署——锦署，被看做是南京云锦正式诞生的标志。
元代开始，云锦一直为皇家服饰专用品。
明朝时织锦工艺日臻成熟和完善，并形成南京丝织提花锦缎的地方特色。
清代在南京设有“江宁织造署”，《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅，就曾任江宁织造20年之久。这一时期的云锦品种繁多，图案庄重，色彩绚丽，代表了历史上南京云锦织造工艺的最高成就。南京云锦织造鼎盛时拥有3万多台织机，近30万人以此和相关产业为生，是当时南京最大的手工产业。
1949年后，政府先后投资几千万元用于恢复和保护云锦，南京市云锦研究所还成功地科学复制了20世纪70年代湖南长沙马王堆汉墓出土的“素纱褝衣”、北京十三陵定陵出土的明万历皇帝“织金孔雀羽妆花纱龙袍”等，但云锦仍然面临着后继无人的局面，全国真正懂云锦技术的不过50人。