冬虫夏草可治疗肾脏疾病，主要通过调整机体免疫功能，抗脂质过氧化，保护Na+，K+-ATP酶活性，促进骨髓造血对代谢的影响，减轻肾脏的病理改变，促进肾组织的修复。
虫草煎剂灌服可减轻庆大霉素所致大鼠急性肾损伤，延迟蛋白尿的出现，降低尿中溶菌酶及NAG酶以及血尿素氮上升幅度。本品对钳夹肾蒂所致大鼠缺血性急性肾衰竭具有保护作用，可抑制血肌酐的增加，减少尿中NAG酶及溶酶含量。本品对环孢素A致急性肾毒性大鼠的肾功能、尿钠、钾排出量、肾组织促上皮生长因子及对肾皮质线粒体酶功能具有保护作用，且部分作用优于维拉帕米。本品可防治氨基糖苷致急性肾衰，降低大鼠尿NAG酶及血肌酐水平，增强肾小球滤过，保护肾小管正常运行，还可减轻体外培养的肾小管细胞对庆大霉素操作的易感性。其机制可能是通过增加肾组织表皮生长因子（EGF）前体mRNA表达，促进肾内EGF合成，增加肾皮质EGF含量，从而加速肾小管再生修复和急性肾衰的恢复。
3.5g/kg虫草煎剂灌胃，可降底5/6肾切除所致性性肾功能不全大鼠的血尿素氮及肌酐水平，阻抑肾小球肥大，并明显减轻肾脏病理改变。本品延缓慢性肾衰竭进展的机制可能与其降低中分子物质、纠正脂质代谢紊乱、改善贫血有关。